Créée à l'automne 2002 grâce à un don de 1,2 million de dollars de la Compagnie des chemins de fer nationaux du Canada (CN), la Chaire CN en économie et intermodalité des transports a pour thème principal d'étude l'économie des transports. Autour de ce thème très large, on retrouve des analyses portant sur la concurrence intermodale et les politiques gouvernementales en matière de transport, de même que l'étude des effets de la réglementation en matière de transport. Ce premier thème réfère surtout à l'étude de l'environnement des entreprises de transport.

À ce thème principal de recherche se greffe un second thème lié au comportement des transporteurs. Les analyses effectuées sous ce thème portent sur les aspects logistiques des opérations de transport (outils d'analyse, de planification et de gestion pour les entreprises).

Finalement, un troisième thème aborde le comportement des expéditeurs dans leur choix modal de transport. Les analyses effectuées sous ce thème portent sur les éléments considérés par les expéditeurs dans leur choix, par exemple le rapport prix/qualité du service offert. L'effort de recherche est axé principalement sur le transport des marchandises, quoique certaines études peuvent également toucher le transport des passagers.